Hoewel balsamicoazijn over het algemeen als een gezonde saladedressing of voedselspecerij wordt beschouwd, kan het drinken van te veel ervan problemen veroorzaken. Balsamico-azijn is volgens Medscape zeer zuur en sommige mineralen erin kunnen op de lange termijn gezondheidsproblemen veroorzaken.
Volgens een speciaal rapport gepubliceerd door Environmental Health News in november 2009 kan balsamico azijn gevaarlijke hoeveelheden lood bevatten. Shoppers in Californië werden hiervoor gewaarschuwd door borden bij de flessen in de winkelschappen. Hoewel elke fles azijn misschien maar een kleine hoeveelheid lood bevat, telt het lood op, vooral bij kleine kinderen. Slechts 1 eetlepel balsamicoazijn per dag kan het loodgehalte van een kind met 30 procent of meer verhogen. Bij volwassenen kan 1 eetlepel balsamicoazijn per dag leiden tot inname van zeven tot tien keer het maximale dagelijkse loodgehalte per persoon dat is vastgesteld door de staat Californië.
In zeldzame gevallen hebben sommige soorten azijn, zoals rijstazijn of appelciderazijn, inwendige ontstekingen of irritatie veroorzaakt. Wijnazijn, zoals balsamicoazijn, en ciderazijn, zoals appelciderazijn, bevatten volgens Medscape dezelfde hoeveelheid azijnzuur. Vergelijkbare niveaus van azijnzuur kunnen vergelijkbare bijwerkingen veroorzaken. Een vrouw kreeg volgens Medscape een ontsteking en een tweedegraads brandwond aan haar keel nadat ze een eetlepel rijstazijn had gedronken om een stuk krab los te maken. Bij een ander incident kreeg een vrouw een tablet met appelciderazijn gedurende 30 minuten in haar keel. Ze ervoer gevoeligheid en pijn in de keel kort na het doorslikken van de tablet en had volgens WebMD gedurende 6 maanden moeite met slikken.
Volgens WebMD kan langdurig gebruik van sommige azijn problemen met de botdichtheid veroorzaken en tot osteoporose leiden. Een hoog azijnverbruik is in een zeldzaam geval ook in verband gebracht met lage kaliumspiegels. Volgens Medscape kan het inademen van de dampen van elk type azijn er soms voor zorgen dat het strottenhoofd in de keel krampen of pijnlijk wordt.
